Картина первая
Сад у бывшего терема боярина Морозова, а ныне — двор князя Жемчужного. Седой боярин Молчан Митьков пришел свататься к молодой княжне Наталье Жемчужной. Сватовство Митькова приходится как нельзя кстати. Ведь князь раздумал выдавать дочь за молодого Морозова, о чем у них раньше был уговор с отцом Андрея. После гибели в бою старшего боярина Морозова князь Жемчужный подделал завещание в свою пользу, сам занял его хоромы, а вдову вместе с сыном выгнал из их родового гнезда. Но Наташа продолжает грезить об Андрее. Поэтому подслушанный разговор отца с Митьковым приводит ее в отчаяние.
Между тем Андрей вместе с любимцем Грозного опричником Федором Басмановым подходит к своему бывшему дому, чтобы повидаться с Наташей перед тем, как отправиться к царю суда искать. Но Басманов ловко направляет его мысли на то, что лучше быстрее получить благословение матери на поездку в Александровскую слободу. Если царь примет Андрея в опричнину, то тогда уж он точно женится на своей Наталье.
Тем временем в доме Жемчужного мамки и подружки принимаются готовить Наталью к скорой свадьбе, что приводит невесту в полное оцепенение — она не ожидала от отца такой спешки.
Картина вторая
Келья, куда перебралась изгнанная из родного дома боярыня Морозова. Тревога за сына, оскорбленная гордость и жгучая обида кипят в душе Прасковьи Ниловны. Тщетно она пытается смирить себя богомольем. Бессильный гнев продолжает бередить ее воображение.
Андрей приходит за разрешением отправиться в Александровскую слободу. Однако, мужества рассказать матери о своем решении вступить в опричнину ему не хватает. Морозова отпускает сына на царский суд — она тоже жаждет расквитаться с Жемчужным, но благословляет Андрея с тяжелым сердцем, предчувствуя беду.
Картина третья
Подземелье в Александровской слободе. Обреченные на смерть «изменники» молятся перед казнью. Опричники во главе с Афанасием Вязьминским одного за другим «отделывают» своих пленников. Появляется Басманов, который передает Вязьминскому царское поручение посвятить в опричники Андрея Морозова. Тяжела опричная клятва: под страхом смерти новобранец должен навсегда отречься от любых сношений с земщиной, даже от встреч с родной матерью. Андрей колеблется, поэтому заветное «клянусь» из-за его спины произносит Басманов. Но Морозов тут же отрекается от фальшивой клятвы. Тогда Вязьминский, который всех Морозовых считает заклятыми врагами, решает еще больше ужесточить испытание и требует от Андрея подтвердить свои слова еще и казнью одного из земских узников, выбирая для этого совсем юного боярчонка. Теперь у Андрея выбор: либо убивать земских, либо самому быть убитым. С возгласом: «Так пропадай же все! Клянусь!» — Андрей вступает в опричнину.
Картина четвертая
В московском храме народ молится о возвращении царя в покинутую столицу, а боярыня Морозова — о возвращении сына. Когда она на паперти творит милостыню, мальчишки обзывают ее «поганой опричницей». Нищие отгоняют хулиганов, чтобы Прасковья Ниловна продолжила раздавать монеты.
Вдруг рядом с нищими Морозова находит укрывшуюся под темным платком Наталью. Она сбежала из-под венца и теперь просит Морозову спрятать ее от отцовых преследователей.
На площадь приходит князь Жемчужный с челядью и велит вязать свою непокорную дочь. Но следом появляются опричники во главе с Басмановым и Андреем. Жемчужный со слугами быстро сам становится жертвой опричного самосуда. Наталья спасена, Андрей счастлив. Но мать, увидев сына в опричном стихаре, проклинает его.
Андрей не может прийти в себя от потрясения. Басманов предлагает единственный выход: бить челом Грозному и слезно просить разрешить опричную клятву, чтобы отпустить Морозова обратно в земство.
Картина пятая
Пир в царской хоромине. Грозный согласился освободить Андрея от службы в опричниках и тут же постановил сыграть его свадьбу с княжной Жемчужной в царском дворце. Опричники славят молодых, но смертельная ненависть к родовитым боярам — родственникам Андрея и Натальи — чувствуется даже на свадьбе. В пьяном угаре едва не до смерти доводят они пленного Жемчужного. В последний момент Андрею удается угомонить опричников: все-таки князь — отец его невесты.
Басманов, чувствуя недовольство своих собратьев, предупреждает Андрея, что до полуночи он и сам еще опричник, связанный грозной клятвой.
Появившийся на пиру Вязьминский передает царский указ: Иван Васильевич, прослышав о красоте Натальи, приглашает ее в свою палату. Но велит явиться одной — без молодого супруга!
Андрей не может перенести это оскорбление — уж лучше смерть. Вязьминскому только этого и нужно: по его приказу опричники прямо на пиру сооружают место казни; кроме того, он посылает за матерью Морозова, чтобы насладиться ее ужасом от смерти сына.
Из своей палаты спускается и сам царь Иван. Буднично наблюдает он за казнью Андрея, отпускает на волю истерзанного Жемчужного, качает на коленях обморочную Наталью. Хор опричников славит своего царя.
Краткое содержание спектакля в редакции режиссера